Au plan de la politique intérieure, l'ostracisme fut surtout utilisé comme arme politique dans les rivalités entre hétairies (factions aristocratiques) dans le premier quart du ve siècle av. J.-C. Après la disparition des tyrans et la défaite des Mèdes, l'ostracisme ne servit plus aux factions qu'à se décapiter réciproquement : Thémistocle fut ostracisé par les partisans de Cimon en 472, et Cimon, en 461 par les partisans d’Éphialtès. Périclès vit son ami Damon ostracisé avant de faire frapper d'ostracisme à son tour, en 443, son principal adversaire, Thucydide, fils de Mélèsias. L'ostracisme employé hors de propos est alors un outil émoussé. L'analyse graphologique des centaines d'ostraca retrouvés lors des fouilles de l'agora a montré que pour un vote donné seule une dizaine de mains différentes avaient inscrit les noms sur les tessons : ce serait la preuve que ces tessons étaient faits à l'avance et distribués par les responsables de ces factions à leur clientèle, dont le vote était ainsi dirigé. La littérature antique apporte en outre l'exemple d'une entente entre adversaires pour échapper à l'ostracisme qui les menaçait : ainsi Plutarque rapporte comment Hyperbolos fut ostracisé en 417 grâce à une entente entre Nicias et Alcibiade, qui devaient être les protagonistes de l’ostracophorie cette année-là ; au dernier moment leurs partisans à tous les deux prirent peur et s'unirent en votant contre un misérable politicien. Ce fut la fin de l'ostracisme
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