Depuis 1562, la France est plongée dans des guerres de Religion. En 1584, la mort de François, duc d'Anjou, dernier frère d'Henri III, lui-même sans enfant, ouvre la perspective de l'avènement d'un roi hérétique et excommunié, Henri de Navarre (1553-1610). Contre lui, une ligne de grands seigneurs, conduite par les Guise et appuyée par de nombreuses villes, se met en place. Elle affaiblit l'autorité du roi Henri III, qui fait exécuter le duc de Guise et son frère, le cardinal de Guise, en 1558. Cet acte, jugé tyrannique, provoque l'assassinat du souverain par un religieux, Jacques Clément, en 1589 .
La guerre civile oppose non seulement des catholiques et des protestants, mais aussi, au sein des catholiques, ceux qui reconnaissent le roi Henri IV, protestant converti au catholicisme, et ceux qui le refusent. Celui qu'on appelle le Béarnais met neuf ans à conquérir et pacifier son domaine .
